Der nächste wichtige Schritt erfolgt 1992 mit der Eröffnung des Bücherspeichers unter der Burggartenterrasse. Damit gewinnt die Bibliothek nicht nur moderne Magazinbereiche in vier unterirdischen Ebenen hinzu, sondern auf der obersten Etage auch einen zusätzlichen Benützungsbereich für neue Medien und Großformate.
1999 wird das Aurum als ein großzügig gestalteter Eingangs- und Veranstaltungsbereich im Erdgeschoss unter dem Prunksaal eröffnet. Das Papyrusmuseum übersiedelt in die Neue Burg.
Bei der Generalsanierung und Modernisierung des Benützungsbereichs am Heldenplatz 2004 werden der Hauptlesesaal und der Zeitschriftenlesesaal neu eingerichtet, mit einem Glaslift verbunden und barrierefreie Zugänge geschaffen. Außerdem wird eine bequeme Leselounge in der Säulenhalle eingerichtet, nachdem mit der Einführung der EDV-Kataloge die Zettelkataloge entfernt werden konnten.